Escudo medio partido y cortado: primero de gules, un castillo de oro; segundo, de plata un águila de sable; segunda partición, de azur un puente de plata y, en punta, un pez también de plata acostado de dos llaves de oro.
Los restos más antiguos que se han encontrado en su entorno son del Paleolítico, pertenecientes a la Cultura Acheliense, pero es en el Neolítico y en la primera parte de la Edad del Bronce cuando se intensifica el poblamiento del término, auspiciado por el desarrollo de la agricultura en sus fértiles tierras y el desarrollo de la minería en Sierra Morena.
Según recientes estudios arqueológicos, el primer pueblo que se asentó de una forma notoria en la zona fueron los oretanos, pueblo íbero, fundando la antigua Isturgi, en el lugar que hoy ocupa la pedanía de Los Villares de Andújar (es un error de identificación muy generalizado confundirla con Iliturgi, situada en cerro Máquiz, Mengíbar; de donde deriva uno de los gentilicio de Andújar, iliturgitano), entrando en contacto con turdetanos, fenicios, griegos y cartagineses y otras poblaciones como Obulco (Porcuna) o Cástulo (Linares). Con Roma, el Municipium Isturgi Triumphale quedó adscrito, primero a la Hispania Ulterior y, después, a la Bética y el Conventus Cordubensis. Todo indica que fue una ciudad floreciente al abrigo de la producción y comercialización de la cerámica romana altoimperial (Ss. I-II d. C.) por antonomasia, la terra sigillata, actividad ayudada por su espléndida situación junto a la primera vía fluvial en importancia de la Provincia Baetica a la que da nombre. Inmerso en la dinámica general de ruralización del mundo urbano, a partir de época bajoimperial hasta la Antigüedad Tardía (Ss. III-VI) sobrevivirá aún algunos años y aparecerá mencionada entre las ciudades del reino visigodo como Sturgi. Pero el nombre de Isturgi se pierde en la noche de los tiempos con la llegada del Islam. La población que allí aún vivía posiblemente se trasladó a una localización cercana (en la actual Andújar), con una buena situación, donde ya con anterioridad existió probablemente un pequeño asentamiento rural romano.
Edad Media
Iglesia de San MiguelEn el año 711 tras la batalla del Guadalete toda la zona sur de la península pasaría a Al-Ándalus. Trasladada la población desde los Villares de Andújar al actual casco antiguo de Andújar, el nombre de Anduyar (Andújar) surgió por primera vez durante el emirato de Mohamed I (853). Los almohades, en el siglo XII, fortificaron la ciudad definitivamente.
En 1225 el rey musulmán de Baeza entregó a Fernando III el Santo, rey de Castilla y León, entre otros, los castillos de Jaén, Andújar y Martos, aunque algunos autores sostienen que dicha entrega fue realizada en otro momento, encomendando a continuación el rey la tenencia, cuyas rentas ascendían a 50.000 maravedíes alfonsíes, de las fortalezas de Andújar y Martos a Álvaro Pérez de Castro «el Castellano», señor de la Casa de Castro, al tiempo que en la zona se asentaban tropas de las Órdenes de Santiago y Calatrava, pasando a convertirse la localidad de Martos en el centro del dispositivo cristiano de defensa en la zona.
Desde que fue entregada al rey Fernando III, la localidad de Andújar se convirtió en el punto de reunión de los ejércitos cristianos que combatían al sur de Sierra Morena, y Álvaro Pérez de Castro desempeñó la tenencia de las fortalezas de Martos y Andújar entre el 5 de septiembre de 1225 y el 16 de enero de 1227, fecha en la que deja de aparecer como tenente de las fortalezas en los documentos regios.[6] Desde el momento en que tomó posesión de la tenencia de ambas fortalezas, Álvaro Pérez de Castro comenzó a realizar incursiones de devastación y saqueo en las tierras que rodeaban sus castillos y que permanecían leales al gobernador almohade de Sevilla, quien reunió un ejército con tropas reclutadas en Córdoba, Sevilla, Jerez de la Frontera y Tejada, y que fue derrotado por Álvaro Pérez de Castro «el Castellano» en una batalla campal en la que ocasionó graves pérdidas a los almohades, lo que ocasionó que la mayoría de las villas situadas entre Sevilla y Córdoba, a fin de evitar los ataques cristianos, reconociesen al rey de Baeza como a su señor, pues era aliado del rey de Castilla.
La población musulmana de las localidades de Andújar, Martos y Baeza abandonó dichas ciudades a finales de 1226, quedando desocupada Baeza de musulmanes en el segundo semestre de ese año. En 1227 Fernando III el Santo nombró a Lope Díaz de Haro tenente de Baeza, los primeros pobladores cristianos comenzaron a llegar a las localidades de Baeza, Andújar y Martos, al tiempo que en ésta última la tenencia de Álvaro Pérez de Castro se vio reforzada por la presencia de Tello Alfonso de Meneses, hijo de Alfonso Téllez de Meneses y sobrino de Tello Téllez de Meneses, obispo de Palencia. No obstante, algunas fuentes señalan que la repoblación cristiana de Andújar no comenzó hasta el año 1228.
Enrique IV le concedió en 1467 el título de ciudad.