De plata un castillo de piedra aclarado de sable. Bordura de gules con dieciséis castillos de plata
Baza siguió siendo, tras la conquista, una fuerte plaza militar, con su alcázar en plena utilización y en buen uso, ya que permitió dar refugio a las autoridades bastetanas con sus familias, durante la causa comunera, a la que se unió el pueblo bastetano, y que ocasionó el derribo de diversas zonas de la muralla, las cuales fueron reparadas después, con la confiscación de bienes a los derrotados.
En el aspecto organizativo, las pragmáticas reales de Segovia (1496) y Tortosa (1503) establecieron disposiciones sobre los sistemas de reclutamiento, clasificación del personal militar, contabilidad y organización de la intendencia e, incluso, un esbozo de un código penal militar. Por aquellas mismas fechas se crearon en Baza y Medina del Campo parques de artillería para la fabricación de armas de fuego y para la formación de especialistas, entre los cuales destacaron los nombres de Diego de Vera y Pedro Navarro.
Otro de los episodios que volvió a dejar constancia de la fortaleza de la Alcazaba bastetana, fue la revolución morisca en la que los bastíes se unieron al movimiento musulmán encabezado por Aben Abóo y el Malech, aunque acabaron siendo derrotados y sometidos al destierro, junto a un numeroso grupo de moriscos, lo cual ocasionó el consiguiente descenso de población. Aben Aboo, llamado Diego López de cristiano, el cual era primo de Aben Humeya, quien consiguió reunir diez mil moriscos con los que llegó incluso cerca de Granada, si bien no acabaron de sumarse a la rebelión, por temor a las represalias que podían recibir y que les llevarían a perder lo poco que tenían.
Otro hecho que influyó decisivamente en la población bastetana fue la sucesión de tres fuertes terremotos en los años 1520, 1522 y 1531, con los consiguientes destrozos, que sobre todo con el último de ellos fueron bastante notables, quedando afectados edificios importantes como la Alcazaba, la Iglesia Mayor que quedó casi destruida, y el Monasterio de Santa Clara, en la calle de las Parras, cuya reconstrucción fue trasladada a lo que hoy es el Colegio de La Presentación, en la calle de las Monjas y callejón del Almendro. Pero lo peor de todo fue la pérdida de la vida de un millar de habitantes, a los que hubo que unir los muchos que se quedaron sin casa y se vieron obligados a marchar de una ciudad cuya sola contemplación resultaba desoladora